Болезни вызывают опасные возбудители: грибы рода фузариум, цитоспора, фома и другие. Они поражают кроны, побеги, хвою. Шютте туи бурое повреждает только хвою. Для борьбы с грибными заболеваниями применяют бордоскую жидкость или картоцид. Деревья обрабатывают, начиная с весны, с интервалом в две недели, пока они полностью не выздоровеют.
Из вредителей наиболее опасны туевая тля и туевая ложнощитовка. Хвоя, поврежденная тлей, желтеет и опадает. Чтобы избавиться от нее, растение несколько раз опрыскивают карбофосом, рогором или децисом. Не меньший вред наносит туевая ложнощитовка, встречающаяся на хвое и веточках. До распускания почек растения опрыскивают карбофосом, в конце июня дважды обрабатывают актелликом, рогором или хлорофосом (с интервалом в полторы-две недели).
